L’organo gestore del Parco naturale regionale di Porto Conte e dell’Area marina protetta di Capo Caccia – Isola Piana è l’Azienda Speciale Parco di Porto Conte, azienda partecipata del Comune di Alghero a cui è affidata la gestione delle due aree protette da parte della Regione Autonoma della Sardegna e dal Ministero dell’Ambiente e della tutela del territorio e del mare. L’Azienda speciale ha sede nella prestigiosa ex colonia penale di Tramariglio dove sono ubicati gli uffici degli organi politici, amministrativi e tecnici.

L’Azienda Speciale è stata formalmente istituita con statuto adottato con Delibera del Consiglio Comunale di Alghero N° 21 del 5.5.2000, resa esecutiva dal Provvedimento del CO.RE.CO. N° 1769/021 del 21.6.2000, e approvato con Delibera della Giunta Regionale N° 40/46 del 12.10.00, resa esecutiva dalla Determinazione del Direttore Generale dell´Assessorato Difesa Ambiente N° 3065/V del 6.12.00 Modificato con deliberazione del Consiglio Comunale n.8 del 13.01.2015.