La sede istituzionale del Parco si trova all'interno del corpo centrale dell'ex colonia penale di Tramariglio. Precisamente all'interno del carcere vero e proprio, luogo intriso di storia penitenziaria e urbanistica.

Inizialmente concessa al Ministero di Grazia e Giustizia allo scopo di realizzare una colonia penale agricola provvisoria,
il nucleo di Tramariglio era destinatoa divenire un insediamento abitativo collegato al resto della bonifica.

Progettato nel 1939 dall'ingegner Arturo Miraglia, autore tra l'altro del primo piano regolatore di Fertilia, presenta tutte le caratteristiche di piccolo centro urbano e può essere considerato un ulteriore esempio di sperimentazione sul modello della città di fondazione. Il progetto complessivo della colonia penale prevedeva un nucleo principale costituito da un edificio centrale, sede delle principali funzioni carcerarie, un ospedale, e diversi fabbricati residenziali e di servizio alla colonia ed un insieme di diramazioni, stalle, silos e magazzini per il deposito di mezzi. Questi sorgevano direttamente sui campi, dove i carcerati lavoravano durante il giorno per rientrare poi la sera nel villaggio carcerario.

La colonia penale fu completata nel 1941 e smise di funzionare come tale nel 1961.

Il Corpo centrale del carcere che ospita gli uffici del Parco, recentemente ristrutturato rappresentava il vero fulcro dell'insediamento ed è organizzato secondo uno schema tipologico a corte, con forma a ferro di cavallo aperto verso la baia. Il fabbricato avvolge con facciate cittadine il cortile definendo uno spazio del tutto analogo ad una piazza urbana. Sia la facciata interna che quella esterna sono scandite da un ritmo regolare di paraste che inquadrano una coppia di aperture verticali. Il riquadro generato dalle paraste, previsto inizialmente in laterizi fu eseguito invece in intonaco liscio.

Di notevole pregio architettonico oltre alle facciate, i tre vani scala con parapetti in muratura e corrimano in legno. Un altro elemento architettonico ricorrente in quel periodo, è rappresentato dalla pensilina-balcone della direzione, situata al primo piano e che si affaccia sulla piazza interna occupata da imponenti pini marittimi ed eucalipti.